Theo các cụ cao tuổi trong làng kể lại, trước kia chùa được dựng ở chỗ khác, đến năm 1892, chùa được chuyển về vị trí hiện nay và được trùng tu vào những năm đầu thế kỷ XX. Kiến trúc của chùa hiện nay là dấu ấn của lần tu sửa cuối cùng vào năm 1993.
Chùa Bắc Cầu 3 - Thuận Lợi Tự
Các công trình kiến trúc của chùa hiện nay bao gồm: Tam quan, chùa chính làm theo kiểu chữ đinh gồm 5 gian Tiền đường, 3 gian Thượng điện theo kiểu tường hồi bít đốc, mái ngói ta. Bộ khung tòa Tiền đường được làm theo kèo cầu quá giang đơn giản; bên trong Thượng điện được kết cấu kiểu chồng rường giá chiêng, bào trơn đóng bén. Tại Thượng điện ở vị trí cao và sâu nhất là nơi đặt bộ tượng Tam thế, tiếp sau là các lớp tượng A Di Đà Tam tôn, Quan Âm Chuẩn Đề, tượng Di Lặc, Ngọc Hoàng, Nam Tào, Bắc Đẩu và tòa Cửu Long cùng tượng Thích Ca sơ sinh bằng đồng ở lớp dưới cùng.
Cùng với các pho tượng tròn, hệ thống di vật của chùa cũng rất phong phú như: chuông đồng đúc năm Chính Hoà thứ XIX (1689), bia đá niên đại thời Nguyễn cùng toàn bộ hoành phi, câu đối, cửa võng, hương án đều được sơn son thếp vàng lộng lẫy.
Nguồn thông tin: UBND quận Long Biên, Di tích lịch sử văn hóa và cách mạng kháng chiến quận Long Biên, NXB Chính trị quốc gia, Hà Nội, 2006.