Chùa Bồ Đề còn có tên gọi là Thiên Sơn tự. Tương truyền chùa được xây trên đất dinh Bồ Đề của Lê Lợi khi vua bao vây thành Đông Quan năm 1472. Các tài liệu lịch sử còn ghi lại là: "Vua làm lầu nhiều tầng ở dinh Bồ Đề trên bờ sông Lô, cao bằng tháp Báo Thiên, hàng ngày ngự trên lầu quan sát vào trong thành xem giặc làm gì". Dinh được gọi tên là dinh Bồ Đề vì lúc ấy trong khuôn viên có hai cây bồ đề to. Tấm bia cổ dựng năm Hoằng Định thứ 15 (1614) đời Lê Kính Tông có chép lại việc dựng lại chùa và ghi rõ "Đại công đức Bồ Đề" của vua Lê Thái Tổ. Thế nhưng, cũng có nhiều ý kiến cho rằng chùa được xây từ cuối đời nhà Trần, trên một gò đất cao gọi là Núi Trời (nên còn có tên gọi là Thiên Sơn). Sau này, do bị chiến tranh tàn phá nên năm 1614, chùa được trùng tu tôn tạo trên nền chùa cũ và công đức khắc in vào hai quyển Pháp Hoa kinh để lưu hành. Đến giữa thế kỉ XVIII, chùa lại tiếp tục bị chiến tranh huỷ hoại. Năm Giáp Tuất đời Tự Đức 27 (1874), đại sư Thích Nguyên Biểu, tự hiệu Nhất Thiết đại sư (1835 - 1906) đến trụ trì và ngài đã trùng tu, tôn tạo trên nền chùa cũ gồm thượng điện rộng 5 gian, cho thỉnh thêm tượng Phật mới, chùa Hộ, nhà Thiêu hương, nhà Pháp bảo và cửa Tam quan.
Chùa Bồ Đề
Đầu thế kỉ XX, chùa Bồ Đề trở thành trung tâm đào tạo tăng ni của thành phố Hà Nội, trực thuộc Giáo hội Phật giáo Việt Nam do Hoà thượng Thích Trí Hải đảm trách. Năm 1946, Pháp trở lại gây chiến, trung tâm đã dời đi nơi khác. Năm 1951, thành phố bị lũ lụt lớn, chùa bị sạt lở, chỉ còn lại toà thượng điện. Năm 1971, chùa một lần nữa được trùng tu như kê kích lại toàn bộ thượng điện và xây dựng lại hậu cung phía sau, nâng cao nền chùa. Năm 1986, chùa được trùng tu nhà Tổ, hậu liêu, nhà khách, nhà Tăng, nhà bếp cũng như khu vực nhà ở của hơn 50 cô nhi đang được nuôi dạy tại chùa. Năm 1999, chùa tiếp tục xây lầu bát giác và tôn trí tượng Bồ Tát Quan Thế Âm cao 3,2m.
Hiện nay, Chùa đã được tu bổ, tôn tạo khang trang, có quang cảnh mát mẻ, thoáng đãng, gồm nhiều công trình như: chùa chính, nhà tổ, điện mẫu, nhà khách, khu mộ tháp, bếp và các công trình phụ trợ khác. Đáng chú ý là chùa Bồ Đề còn lưu giữ được nhiều di vật quý như: câu đối, hoành phi, cửa võng thiều châu, khám thờ và đặc biệt là 4 tấm bia đá có niên đại: Hoằng Định Thứ 15, Minh mệnh thứ 19, Thành thái thứ 17, Khải định thứ 5.